Pada awalnya Program Studi Doktor Ilmu Lingkungan merupakan minat pada Program Doktor Ilmu Geografi Universitas Gadjah Mada. Program Doktor Ilmu Geografi sendiri telah diselenggarakan mulai tanggal 20 September 1993 berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 680/DIKTI/Kep/1993. Sejak keluarnya Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No. 1 Tahun 2006 yang memberi kewenangan Universitas Gadjah Mada untuk membuka dan menutup program studi, maka sejak tanggal 21 November 2008 minat Ilmu Lingkungan berdiri sendiri menjadi sebuah program studi di bawah Sekolah Pasca Sarjana berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Gadjah Mada Nomor 526/P/SK/HT/2008.

Menghasilkan lulusan berderajat Doktor yang mempunyai kualifikasi

1. Beraklak mulia dan memiliki integritas kepribadian tinggi
2. Bersifat cepat tanggap terhadap setiap perubahan dan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi, khususnya permasalahan lingkungan yang dihadapi masyarakat dan pemerintah
3. Mempunyai kemampuan dalam upaya pengelolaan lingkungan, mampu merumuskan dan mengendalikan bebagai masalah lingkungan dengan pedekatan ekologi-geografis dalam kerangka analisis lingkungan untuk perencanaan pembangunan, pengembangan wilayah, dan evaluasi tata ruang

Lulusan Progam Doktor Ilmu Lingkungan di UGM, mahasiswa di harapkan menjadi ahli lingkungan (KKNI Level 9), yang mampu:

1. Menganalis kompleksitas permasalahan lingkungan
2. Merencanakan penelitian dan melakukan penelitian multidiplin
3. Berkonstribusi dalam memecahkan permasalahan lingkungan dan merencanakan program pengelolaan lingkungan