Pada awalnya Program Studi Doktor Ilmu Lingkungan merupakan minat pada Program Doktor Ilmu Geografi Universitas Gadjah Mada. Program Doktor Ilmu Geografi sendiri telah diselenggarakan mulai tanggal 20 September 1993 berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 680/DIKTI/Kep/1993. Sejak keluarnya Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No. 1 Tahun 2006 yang memberi kewenangan Universitas Gadjah Mada untuk membuka dan menutup program studi, maka sejak tanggal 21 November 2008 minat Ilmu Lingkungan berdiri sendiri menjadi sebuah program studi di bawah Sekolah Pasca Sarjana berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Gadjah Mada Nomor 526/P/SK/HT/2008.

Program Studi Doktor Ilmu Lingkungan bertujuan untuk mendorong pengembangan ilmu pengetahuan lingkungan dan pengelolaan lingkungan yang lebih baik melalui pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.

Setelah menyelesaikan program ini, lulusan diharapkan menjadi Ahli Lingkungan (Level 9 dalam Skema Kualifikasi Nasional), yang memiliki kemampuan untuk:

1. Menganalisis kompleksitas permasalahan lingkungan,
2. Merancang dan melaksanakan penelitian multidisipliner,
3. Berkontribusi dalam penyelesaian masalah lingkungan serta merancang program pengelolaan lingkungan.